در قسمت عمیق‌تر مغز و نزدیک‌تر به ساقه مغز - جایی که مغز و ستون فقرات به هم می‌رسند - ساختارهای قدیمی‌تر و ابتدایی‌تر قرار دارند. این قسمت‌ها رفتارهای خودکار ما نظیر نفس کشیدن و بلعیدن یا واکنش غیر منتظره‌ای که وقتی کسی از پشت بوته‌ای جلوی ما می‌پرد بروز می‌دهیم را تنظیم می‌کنند. به سمت مرکز جمجمه، توده‌ای بافت وجود دارد، شبیه چیزی که ممکن است داخل سر یک ماهی، خزنده یا یک پستاندار پیدا کنید. این همان گانگالیون‌های پایه‌ای است، یک قسمت بیضوی از سلول‌ها که برای سال‌ها دانشمندان آن را به خوبی نمی‌شناختند، فقط گمان‌هایی برده بودند مبنی بر این که این قسمت در بیماری‌هایی نظیر پارکینسون نقش دارد.
در اوایل دهه 1990 ، برای محققان ام.آی.تی این سوال پیش آمد که آیا ممکن است گانگالیون‌های پایه‌ای در عادت‌ها نیز نقش مهمی داشته باشد. آنها متوجه شدند که حیواناتی که گانگالیون‌های پایه‌ای آنها صدمه دیده است، ناگهان در هنگام کارهایی نظیر یاد گرفتن اینکه چگونه از میان مارپیچ‌ها بدوند و یا به خاطر آوردن اینکه چگونه ظروف غذا را باز کنند دچار مشکل می‌شوند. این محققان تصمیم گرفتند با به کار گیری فناوری‌های میکرو، آزمایش کنند و این فناوری به آنها این امکان را می‌داد تا با جزئیات خیلی ظریفی مشاهده کنند که وقتی این موش‌ها بسیاری از این کارهای معمولی و روتین را انجام می‌دهند، چه اتفاقی در سرشان می‌افتد. در عمل جراحی، هر موش چیزی داشت که شبیه یک فرمان کوچک هواپیما بود و تعداد زیادی سیم ریز که در جمجمه‌اش قرار داده شده بود. سپس حیوان درون یک مارپیچ تی (T) شکل قرار داده می‌شد که در یک انتهای آن شکلات قرار داشت.