دکتری که این کار را انجام می‌داد فورا احساس کرد مشکلی وجود دارد. مایع احاطه کننده مغز و سلول‌های عصبی نخاعی مانعی در برابر عفونت و جراحت است. در افراد سالم، این مایع شفاف است و به سرعت جریان می‌یابد و با حالت نرمی داخل سوزن حرکت می‌کند. نمونه گرفته شده از نخاع یوجین حالت ابر گونه‌ای داشت و به کندی می‌چکید، گویی پر از شن میکروسکوپی بود. وقتی که نتایج از آزمایشگاه برگشت، پزشک یوجین فهمید که چرا او بیمار است: او از آماس ویروسی مغز(آنسفالیت؛ التهاب مغز) رنج می‌برد، بیماری که بوسیله‌ی ویروس نسبتا بی‌آزاری به وجود می‌آید و باعث به وجود آمدن تبخال و عفونت‌های خفیف روی پوست می‌شود. با این حال این ویروس در موارد نادری می‌تواند به مغز راه پیدا کرده و با از بین بردن لایه‌های ظریف بافتی که افکار، خواب‌ها - و طبق نظر بعضی‌ها روح - ما به آن وابسته است، آسیب فاجعه باری را وارد کند.
دکترها به بورلی گفتند که در مورد آسیبی که تا به الان وارد شده کاری نمی‌توانند بکنند، ولی دز بالایی از داروهای ضد ویروسی ممکن است از گسترش آن جلوگیری کند. یوجین به کما رفت و به مدت ده روز با مرگ دست و پنجه نرم می‌کرد. داروها به تدریج با بیماری مقابله کردند، تبش فروکش کرد و ویروس ناپدید شد. وقتی که بالاخره بیدار شد، ضعیف و گیج بود و نمی‌توانست غذا را به درستی ببلعد. او نمی‌توانست جمله‌ای بگوید و گاهی اوقات به زحمت نفس می‌کشید، گویی موقتا فراموش کرده بود چگونه نفس بکشد. ولی به هر حال زنده بود.
سرانجام یوجین به اندازه کافی خوب شد تا یک سری آزمایش بدهد. دکترها از فهمیدن این که بدن او - از جمله سیستم عصبی وی- به میزان زیادی دست نخورده مانده شگفت زده شدند. او می‌توانست اندام هایش را تکان دهد و به نور و صدا پاسخ می‌داد. با وجود این، اسکن‌های گرفته شده از سر او سایه‌های شومی را نزدیک مرکز مغزش نشان می‌دادند. این ویروس یک بافت بیضی شکل نزدیک جایی که جمجمه و ستون فقرات به هم می‌رسند را از بین برده بود. دکتر به بورلی هشدار داد: « ممکن است او دیگر کسی که می‌شناختید نباشد، لازم است خودتان را برای این وضعیت آماده کنید. »
یوجین به بخش دیگری از بیمارستان منتقل شد. در عرض یک هفته او به راحتی غذا را قورت می‌داد. یک هفته دیگر گذشت و شروع به صحبت کردن معمولی کرد، می‌خواست که به او ژله و نمک بدهند، کانال‌های تلویزیون را عوض می‌کرد و شکایت می‌کرد که نمایش‌های تلویزیون کسل‌کننده هستند. پنج هفته بعد که یوجین از بیمارستان مرخص شده و به مرکز توانبخشی منتقل شد، می‌توانست در راهروها قدم بزند و بدون اینکه پرستاران از او بخواهند، آنها را در مورد برنامه‌های آخر هفته‌شان راهنمایی می‌کرد.